Os Cylons foram criados pelos homens. E evoluíram. Rebelaram-se.
40 anos após a Primeira Guerra dos Cylons eles retornaram e acabaram com as Doze Colónias. Juntando uma frota de naves civis caindo aos pedaços a já desgastada Battlestar Galactica conseguiu escapar ao ataque e partir para o lendário lar dos Treze Tribos Humanos - um planeta chamado Terra.
Depois de meses de incansáveis perseguições pelas forças Cylon a Battlestar Galactica e a Frota Colonial sob a sua protecção conseguiram unir-se à Battlestar Pegasus, outra sobrevivente do ataque dos Cylons. Juntas elas conseguiram contra-atacar e destruir a nave Resurrection da frota dos Cylons.
Enfurecidos com a perda da Resurrection, os cylons partiram para um ataque massivo contra a frota colonial. Apanhada de surpresa, a frota colonial tentou dar o salto para escapar, mas alguma coisa correu muito mal. Os sistemas de salto FTL de ambas as frotas foram sobrecarregados por pulsos de energia massivos, o que desencadeou uma propulsão descontrolada que os lançou muito além do curso.
No Battlestar Galactica Online, tanto a frota colonial quanto a cylon estão presas numa área inexplorada do espaço no limite de um dos braços da galáxia. Severamente danificados e com pouquíssimos recursos, ambas as frotas entram numa corrida contra o tempo para fazer manutenção nas naves e recarregar as armas, lutando pelo controlo de sistemas ricos em tylium, metais e água. A frota colonial procura desesperadamente por uma maneira de escapar e continuar a busca pela Terra antes que os cylons consigam reerguerem-se para destruí-los de uma vez por todas.
